Kolleegiumi tööd juhatab nõukogu ja juhataja. Kolleegiumi nõukogu koosseisu kuuluvad üks esindaja igast kolleegiumi töös osalevast instituudist (sturktuuriüksuse juhi ettepanekul), kolleegiumi juhataja, kuni viis nõukogu kaasatud liiget. 

Nõukogu koosseis:

1. Valter Lang (Tartu Ülikool ajaloo ja arheoloogia instituut)
2. Richard Villems (Tartu Ülikool molekulaar- ja rakubioloogia instituut, genoomika instituut)
3. Karl Pajusalu (Tartu Ülikool eesti ja üldkeeleteaduse intituut; juhataja)
4. Heiki Valk (Tartu Ülikool ajaloo ja arheoloogia instituut)
5. Aivar Kriiska (Tartu Ülikool ajaloo ja arheoloogia instituut)
6. Gerson Klumpp (Tartu Ülikool eesti ja üldkeeleteaduse instituut)
7. Miina Norvik (Tartu Ülikool eesti ja üldkeeleteaduse instituut)
8. Kristiina Tambets (Tartu Ülikool, genoomika instituut)
9. Lehti Saag (Tartu Ülikool genoomika instituut)
10. Mait Metspalu (Tartu Ülikool genoomika instituut)
11. Urmas Saarma (Tartu Ülikool ökoloogia ja maateaduste instituut)
12. Lembi Lõugas (Tallinna Ülikool arheoloogia teaduskogu)
13. Indrek Jääts (Eesti Rahva Muuseum)
14.  Mari Tõrv (Tartu Ülikool ajaloo ja arheoloogia instituut)
15. Urmas Varblane (Tartu Ülikool sotsiaalteaduste valdkond)