Kolleegiumi tööd juhatab nõukogu ja juhataja. Kolleegiumi nõukogu koosseisu kuuluvad üks esindaja igast kolleegiumi töös osalevast instituudist (sturktuuriüksuse juhi ettepanekul), kolleegiumi juhataja, kuni viis nõukogu kaasatud liiget.
Nõukogu koosseis:
- Valter Lang (Tartu Ülikool ajaloo ja arheoloogia instituut)
- Richard Villems (Tartu Ülikool molekulaar- ja rakubioloogia instituut, genoomika instituut)
- Karl Pajusalu (Tartu Ülikool eesti ja üldkeeleteaduse intituut; juhataja)
- Heiki Valk (Tartu Ülikool ajaloo ja arheoloogia instituut)
- Aivar Kriiska (Tartu Ülikool ajaloo ja arheoloogia instituut)
- Gerson Klumpp (Tartu Ülikool eesti ja üldkeeleteaduse instituut)
- Miina Norvik (Tartu Ülikool eesti ja üldkeeleteaduse instituut)
- Kristiina Tambets (Tartu Ülikool, genoomika instituut)
- Lehti Saag (Tartu Ülikool genoomika instituut)
- Mait Metspalu (Tartu Ülikool genoomika instituut)
- Urmas Saarma (Tartu Ülikool ökoloogia ja maateaduste instituut)
- Lembi Lõugas (Tallinna Ülikool arheoloogia teaduskogu)
- Indrek Jääts (Eesti Rahva Muuseum)
- Mari Tõrv (Tartu Ülikool ajaloo ja arheoloogia instituut)
- Urmas Varblane (Tartu Ülikool sotsiaalteaduste valdkond)